Tranh giành quyền lực thời kỳ đầu

Vị hoàng đế mới đã bổ nhiệm anh em họ thái tử El Tegüs của mình khi ông được bảo hộ bởi Dowager Budashiri, nhưng Huệ Tông lại bị kiểm soát bởi các lãnh chúa ngay cả sau cái chết của Yên Thiếp Mộc Nhi. Trong số đó, Bá Nhan trở nên mạnh mẽ như Yên Thiếp Mộc Nhi. Ông ta nắm nhiều quyền hành lớn trong triều và đã ra tay đàn áp một cuộc nổi loạn của con trai Yên Thiếp Mộc Nhi là Tang Ki-se. Trong thời kỳ cai trị của ông, ông đã thực hiện một số thanh trừng và cũng đình chỉ hệ thống kiểm tra hoàng gia. Khi Huệ Tông cố gắng phong Kỳ hoàng hậu trở thành vợ thứ hai, trái ngược với việc thực hành tiêu chuẩn chỉ lấy vợ thứ hai từ hoàng tộc Mông Cổ, nó tạo ra sự phản đối trong vụ xét xử khi hoàng đế sắc phong cho một phụ nữ người Triều Tiên. Năm 1339, khi Ki sinh ra một đứa con trai, người mà Huệ Tông xác định sẽ là người kế vị mình, ông mới có thể phong bà ta trở thành hoàng hậu thứ cấp vào năm 1340.

Khi Huệ Tông trưởng thành và hiểu được tình hình chính sự, ông đã nhiều lần phản đối sự cai trị của Bá Nhan. Năm 1340, ông liên minh với cháu trai của Bá Nhan là Thoát Thoát, người đang mâu thuẫn với Bá Nhan, và trục xuất Bá Nhan khỏi triều trong một cuộc đảo chính. Ông cũng loại bỏ El Tegüs và Hoàng hậu Budashiri ra khỏi triều đình. Với sự giúp đỡ của Thoát Thoát, ông cũng mạnh tay thanh trừng các quan chức đã thống trị chính quyền.

Thời kì tự chấp chính

Tháng 3 năm 1340, Nguyên Huệ Tông chính thức nắm quyền hành. Công việc đầu tiên của ông đó là trả thù cho vua cha Minh Tông. Cuối năm 1340, Huệ Tông đã hạ chiếu đập bỏ miếu thờ của Nguyên Văn Tông đi. Con trai của Văn Tông là Yên Thiếp Cổ Tư bị Huệ Tông truy lùng đã trốn ra Cao Ly, cuối cùng ông ta bị Huệ Tông sai người đuổi theo và giết chết ngay ở đó.

Trả thù đã xong, Nguyên Huệ Tông bắt đầu xây dựng lại một đất nước đang trên con đường suy tàn và đã trải qua hơn 12 năm mâu thuẫn triều đình (1320 - 1333). Trong 25 năm từ lúc Nguyên Thành Tông qua đời cho đến lúc Nguyên Huệ Tông tại vị, triều Nguyên đã trải qua tới 8 đời hoàng đế. Ngay từ đầu ông cũng có chút nỗ lực để cải cách chính trị. Năm 1341, Nguyên Huệ Tông khôi phục lại chế độ thi cử bị gián đoạn trong thời gian dài để tuyển người hiền tài giúp triều đình. Ông còn sai Thoát Thoát hoàn thành tất cả ba cuốn Liêu sử, Tống sử và Kim sử vào năm 1343.

Với việc loại trừ Bá Nhan, Thoát Thoát đã chiếm đoạt quyền lực lớn trong triều. Chính quyền đầu tiên của ông thể hiện tinh thần tươi mới. Người lãnh đạo trẻ nhanh chóng phân biệt chế độ của mình như một thứ hoàn toàn khác với Bá Nhan. Một niên hiệu mới của vua Nguyên, Chí Chính (Trung Quốc: 至正), đã cho thấy điều này. Nhiều người trong số những người Trung Quốc đã trở về thủ đô từ hưu trí tự nguyện hoặc từ lưu vong hành chính và hệ thống kiểm tra của hoàng gia đã được phục hồi.

Thoát Thoát bất ngờ từ quan với sự chấp thuận của Huệ Tông vào tháng 6 năm 1344, đánh dấu sự kết thúc của chính quyền đầu tiên của ông. Một giai đoạn ngắn ngủi tiếp theo từ 1344 đến 1349 sẽ phát triển một chương trình nghị sự rất khác với Thoát Thoát. Năm 1347, hoàng đế buộc Thoát Thoát sang Cam Túc với sự giúp đỡ của những cựu sĩ quan của Nguyên Minh Tông và Nguyên Thái Định Đế.

Năm 1349, Huệ Tông gọi lại Thoát Thoát về kinh, bắt đầu chính quyền thứ hai và rất khác của Thoát Thoát.